Bij de herstructurering van het Vrij Secundair Onderwijs Poperinge (2001) werden de ASO-studierichtingen (humaniora) van het Sint-Stanislascollege en van het Sint-Franciscusinstituut samengevoegd in één enkele school met de nieuwe naam Sint-Janscollege.

Sedert het gemengd worden van het secundair onderwijs in Poperinge in 1989 was het naast mekaar bestaan van twee ASO-scholen geen noodzaak meer.

Door de scholen samen te voegen kon het aanbod aan studierichtingen beter georganiseerd worden.

Vanaf 1 september 2003 gaan de lessen voor alle jaren door op het Burgemeester Bertenplein.

In 1657 begonnen de paters Recolletten met een"Latijnsche schoole" (oude humaniora). Hun klooster bevond zich in de Gasthuisstraat (op de plaats waar zich nu het Hopmuseum bevindt).

Na de Franse revolutie kwamen de paters Recolletten niet meer terug. Hun werk in het onderwijs werd door priesters overgenomen

Een tijd lang werd op voorlopige locaties lesgegeven. In 1834 werd dan het huidige gebouw aan het Burgemeester Bertenplein in gebruik genomen. In 1853 werd het college "bisschoppelijk" en kreeg het de naam Sint-Stanislascollege. Naast de oude humaniora werden niet-Latijnse klassen georganiseerd die in 1926 de moderne humaniora werden.

In 1957 werd het 300-jarig bestaan van secundair onderwijs (voor jongens) in Poperinge gevierd.

Tot 1989 konden enkel jongens zich in het college inschrijven.

Beschermd monument

De Zusters Penitenten / Grauwzusters Franciscanessen hebben een lange traditie in Poperinge. Gedeelten van de kloostergebouwen in de Bruggestraat gaan terug tot de vijftiende eeuw.

De zusters zetten zich aanvankelijk in voor de ziekenverzorging. Later werden ze actief in de onderwijsverstrekking.

Nadat de zusters in het Sint-Franciscusinstituut al een handelsschool opgericht hadden, begonnen zij vanaf 1959 - met de steun van geëngageerde leken - met de uitbouw van een oude en moderne humaniora, opdat ook meisjes algemeen-vormend secundair onderwijs zouden kunnen volgen in eigen streek.

In 1984 werd het 25-jarig bestaan van deze school gevierd.

Vanaf 1989 konden ook jongens zich in het Sint-Franciscusinstituut inschrijven.